禁止股东抵消的原因主要在于保护债权人利益和维护破产程序的公平性。以下是具体的理由：
债权人利益优先
破产清算的主要目标是最大化债权人利益，并确保在债权人之间公平清偿。如果允许股东以其对公司的债权抵消其欠缴的出资，这将直接影响其他债权人的受偿份额，打破债权人受偿利益的平衡，甚至可能鼓励股东利用抵销来逃避出资义务，从而损害债权人利益。
法律依据
《民法典》第五百六十八条虽然规定了互负债务可以抵销，但《公司法》第四十八条和第九十八条第二款明确规定，债权可以作为非货币财产出资方式，但不得损害其他债权人权益或导致不公平的结果。在破产程序中，明确规定不允许抵销的，则不得抵销。
防止规避出资义务
股东可能通过抵销来规避其出资义务，损害公司和其他债权人的利益。禁止股东抵消可以防止股东利用法律漏洞逃避法律责任，确保公司资本的真实性和完整性。
维护破产程序的公平性
在破产程序中，所有债权人享有平等的受偿权。允许股东以债权抵销出资义务，可能会导致某些债权人优先受偿，违反破产程序的公平性原则。
保护公司和其他债权人的权益
在公司已经丧失清偿能力或无法正常经营的情况下，允许股东以债权抵销出资义务，可能会导致公司债权人权益受损，与《公司法》对未履行出资义务的股东的法律责任相悖。
综上所述，禁止股东抵消主要是为了保护债权人利益和维护破产程序的公平性，防止股东利用法律漏洞逃避出资义务，确保公司资本的真实性和完整性。