上海公司社保的缴纳流程如下：
社保登记
新成立的缴费单位应当自成立之日起30日内，持营业执照或者登记证书等有关证件，到社会保险经办机构办理社会保险登记。社会保险经办机构审核后，发给社会保险登记证件。
在公司成立后30日内，前往当地社会保障局办理社保登记。需要携带以下材料：营业执照副本、法人身份证、公司公章、开户许可证、社保登记申请表。
社保信息登记
登录“上海市人力资源和社会保障自助经办系统”，选择“社会保险”模块，进入“企业参保”，点击“社会保险信息登记”进行信息登记。核对单位工商信息、填写单位缴费情况（开户银行、开户银行名称、开户银行账号等），并填写单位基本信息和单位联系人信息，提交后即可完成社保企业开户。
社保费申报与缴纳
每月通过“社保费管理客户端”或“上海市电子税务局”进行社保费的申报和缴纳。登录电子税务局，选择“社保费办理”模块，进行社保费申报，确认无误后提交。在缴费界面选择缴款方式（如三方协议缴费或银行端凭证缴费），确认后完成缴费。
用人单位可以选择“自行申报缴费”与“自动申报缴费”两种方式。自行申报缴费需要单位每月在电子税务局、社保费管理客户端等渠道自行确认征集信息并完成申报缴款；自动申报缴费每月定期自动扣款，用人单位需确保所选的三方协议账户状态正常且余额充足。
确保账户资金充足
缴费单位应于每月15日前缴纳社会保险费，税务部门对缴费单位扣款的时间原则上为每月10日至15日。因此，需要确保扣款账户内有足额资金。
特殊情况处理
如果企业错过自动申报缴费时间，可以通过电子税务局办理社保费缴费。登录电子税务局，选择“单位社保费申报”和“单位社保费缴费”模块进行操作。
其他注意事项
缴费个人应当缴纳的社会保险费，由所在缴费单位从其本人工资中扣除后代为缴纳。
如果选择“自行申报缴费”，需要单位每月在电子税务局、社保费管理客户端等渠道自行确认征集信息并完成申报缴款。
通过以上步骤，上海公司可以顺利完成社保的缴纳工作。建议公司在办理社保缴纳时，确保所有材料准备齐全，并按照规定的流程操作，以保证社保缴纳的顺利进行和及时性。