处理阴阳合同的方法主要有以下几种：
当事人协商
当事人之间可以通过友好协商的方式解决阴阳合同纠纷。在协商过程中，双方应本着诚信原则，对合同内容进行充分沟通，寻求一个双方都能接受的解决方案。
申请仲裁
如果合同中存在有效的仲裁条款，或者双方事后达成仲裁协议，可以向仲裁机构申请仲裁。仲裁机构将根据双方的真实意思表示和相关法律规定，对阴阳合同中的争议进行裁决。
向法院起诉
如果协商和仲裁均无法解决阴阳合同纠纷，当事人可以向法院提起诉讼。法院将根据《民法典》及相关法律法规，对阴阳合同的效力进行认定，并依法作出判决。
确认合同无效
根据《民法典》第一百四十六条的规定，行为人与相对人以虚假的意思表示实施的民事法律行为无效。因此，在诉讼或仲裁中，当事人可以请求确认阳合同无效，而阴合同是否有效则需根据具体情况进行判断。
财产返还与赔偿
合同无效后，依据《民法典》第一百五十七条，因该合同取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失，双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。
行政处罚与刑事责任
阴阳合同可能涉及逃税行为，根据《税收征收管理法》等相关法律规定，税务机关可以对逃税行为进行行政处罚，严重者可能触犯《刑法》，构成偷税罪，需承担刑事责任。
在处理阴阳合同纠纷时，建议当事人首先尝试通过协商解决问题，如果协商无果，再考虑申请仲裁或向法院起诉。同时，当事人应充分了解相关法律法规，明确自己的权利和义务，以维护自身合法权益。