新三板市场存在的问题主要包括以下几个方面：
流动性差
新三板市场的交易活跃度相对较低，股票买卖可能面临成交困难的情况，导致投资者在需要变现资产时可能会遭遇困境。
新三板市场规模小，总市值有限，市场总体交易规模偏小，交投不活跃，经常性的零成交，甚至某些挂牌公司可能会出现长期无成交的现象。
信息不对称
部分新三板企业的信息披露可能不够充分和及时，投资者难以准确、全面地了解企业的真实经营状况和财务状况，从而做出错误的投资决策。
新三板公司原本就是非上市公司，其管理并不规范，信息披露容易出现问题，各种损害投资者利益的事情时有发生。
监管不足
新三板市场的监管机制尚不完善，存在一定的监管漏洞，导致市场参与者的行为不够规范，影响了市场的公平性和透明度。
新三板对于国有股权的要求较为严格，但对于国有参股企业的监管相对宽松，可能存在监管不到位的情况。
企业经营风险高
新三板中的许多企业处于成长初期，经营稳定性和盈利能力相对较弱，面临着市场竞争、技术创新、管理水平等多方面的挑战，企业的发展存在较大的不确定性。
新三板公司鱼龙混杂，绝大多数公司难以上市，不少公司甚至随时都会倒闭，投资者面临较高的投资风险。
制度设计缺陷
新三板市场缺乏顶层设计和宏观规划，功能定位不清晰，为今后发展留下隐患。
新三板的做市商制度而非竞价制度，导致对投资者缺乏吸引力。
投资者门槛过高
新三板现行投资者适当性标准要求个人名下前一交易日证券类资产市值逾500万，这限制了部分投资者的参与，导致市场流动性不足。
企业治理不规范
新三板企业普遍缺乏健全的法人治理结构和内部控制制度，容易出现“一人集权制”、内部控制制度不健全或未执行、原始出资不规范等问题。
纳税不规范
部分新三板企业存在避税动机，非独立纳税或是为规避税收而少计收入、多计成本或帐外核算等，影响了企业的合规经营和投资者的利益。
综上所述，新三板市场在流动性、信息透明度、监管、企业治理等方面存在诸多问题，这些问题制约了市场的健康发展，影响了投资者的信心和市场的效率。建议相关管理部门和市场主体加强制度建设、完善监管机制、提高信息披露质量，以促进新三板市场的长期稳定发展。