门窗公司在运营过程中需要准备以下证件和资质：
营业执照：
这是开展任何工商活动的基本证件，包括公司的名称、经营范围、注册地址、法定代表人、股东等相关信息。
组织机构代码证：
该证件现已三证合一为营业执照。
税务登记证：
用于纳税和开具发票。
建筑材料生产企业资质：
这是门窗行业经营和生产的基本条件，需要按照国家质量监督部门的相关规定办理，并通过相应的考核。
建筑行业工程类资质：
如果门窗公司想要承接建筑工程的门窗安装或整体解决方案项目，需要具备此资质，该资质要求公司具备一定的生产和安装能力。
建筑工程质量验收资质：
这个资质由建设单位、监理单位和质量检测机构进行验收，必须符合相关要求才能取得，以便门窗公司更好地参与到建筑工程的实际操作中。
安全生产许可证：
申请后需要接受查厂，包括厂房的用水电火安全、应急设备、人员培训等方面，满足条件才能拿到许可证。
企业基本信息：
包括企业名称、经营范围、注册地址、法定代表人、注册资本等，需提供身份证、户口本等相关证件复印件。
经营场所证明：
租赁或自有经营场所的租赁合同、产权证或使用证明，是公司合法经营的佐证。
行业资质：
如建设工程施工企业资质或施工劳务资质，证明企业具备门窗装饰施工的能力。
银行开户证明：
公司银行基本账户的开户证明，用于资金收支和纳税申报。
社保证明：
为员工缴纳社保的社保参保证明，显示公司履行社会责任。
其他辅助材料：
如公司章程、验资报告、委托书等，可增强注册申请的完整性和可信度。
成品窗备案资料：
包括工商营业执照、备案系列产品有效期内的产品型式检验合格证明、成品窗生产工艺控制文件等。
建议门窗公司在注册和运营过程中，仔细了解并遵守相关法律法规，确保所有证件和资质齐全，以便顺利运营。