9月3日加班费的计算方式主要依据加班发生的时间点以及当时适用的法律规定。以下是具体的计算标准：
工作日加班
如果9月3日是工作日，那么加班费按照不低于劳动者正常工作时间工资的150%支付。
休息日加班
如果9月3日是休息日，企业安排劳动者工作且不能安排补休的，加班费按照不低于劳动者本人日或小时工资标准的200%支付。
法定节假日加班
根据现行法律规定，9月3日并不被视为法定节假日。因此，如果在这一天加班，通常情况下应按照休息日加班的标准，即支付不低于劳动者本人日或小时工资标准的200%的工资报酬。
需要注意的是，具体的加班费计算基数可能因地区和公司的不同而有所差异，通常是以劳动者的月工资为基准，除以月计薪天数（21.75天）来计算日工资基数，然后再乘以相应的加班倍数。
此外，如果公司已经安排了补休，那么劳动者在休息日加班可能不需要额外支付加班费，但这需要根据公司的具体规定和双方的协商来确定。
综上所述，9月3日的加班费计算方式主要取决于当天是工作日、休息日还是法定节假日，以及是否有补休的安排。建议劳动者在加班前与公司确认具体的计算方式和支付标准，以确保自己的权益得到保障。