法院处理侵权纠纷案件的一般程序如下：
起诉
当事人可以向相关法院提起诉讼，根据案件性质和争议金额，将案件提交给基层人民法院或中级人民法院。
当事人需要提供相关证据和材料，证明对方的侵权行为及造成的经济损失等。
调解
法院受理案件后，会对双方进行调解，旨在协商解决争议。
若能达成一致意见，双方可签署和解协议；若无法达成一致意见，法院将进入诉讼程序。
诉讼
在诉讼程序中，双方可提出证据、陈述意见、进行辩论等。
法院将依法审理案件，对双方提供的证据进行分析和评估，并根据法律规定作出裁决。
如对裁决结果不满意，当事人可提起上诉，将案件提交给上级法院继续审理。
判决与执行
法院根据裁决结果，判决侵权方赔偿被侵权方的损失。
赔偿金额将综合考虑双方当事人的损失以及其他因素而定。
法院的判决具有强制力，依法执行。
具体处理方式
侵犯著作权：
由侵权行为的实际发生地、侵权作品的储存地点或被查封扣押之地以及被告方的居住所在地的中级人民法院享有管辖权。
法院会审查原告提起诉讼的合法性与合理性，要求各方当事人交换证据，并组织调解工作。
若调解无果，法院将公开审判，深入审查与评估证据，确认侵权事实后作出判决，责令被告承担法律责任。
侵犯商标权：
未经注册商标所有人许可，在同一种商品上使用与其注册商标相同的商标，情节严重的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金；特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
受害人可以要求停止侵害、恢复名誉、消除影响、赔礼道歉，并可以要求赔偿损失。
网店侵权：
侵权人可能被处罚，责令立即停止侵权行为，没收、销毁侵权商品，并处以罚款。
被侵权方需提交起诉状和相关证明材料，法院受理后，将通知当事人进行证据交换，并安排庭审。
建议
当事人应积极配合法院的审理工作，积极提供相关证据和材料，并委托专业律师代理，以保障自身权益。
侵权纠纷案件的处理可能较为复杂，建议通过调解、仲裁等途径解决，以减少诉讼成本和时间。